Después de una espiral de muertes en un instituto, un nuevo estudiante transferido Koichi Sakakibara se fija en una chica enigmática que parece obtener la llave del oscuro misterio que se esconde detrás de todo.

El profesor Spencer Hale, un concienzudo investigador de los Pokémon, ha estado trabajando muy duro para conocer los secretos de un misterioso Pokémon llamado los Unown. Los Unown aparecen como 26 entidades individuales con las formas de letras del alfabeto. Tienen la capacidad de leer los sueños, pensamientos y emociones humanos y hacerlos realidad, pero un tipo especial de realidad. Mientras está trabajando, el profesor es repentinamente arrastrado a otro mundo, del mismo modo en que desapareció su esposa dos años antes mientras investigaba el misterio de los Unown. Su hija pequeña, Molly, está ahora completamente sola en la casa de los Hale sin su madre ni su padre, y sin nadie que la consuele. Angustiada, Molly sólo sueña con reunirse con su padre. Los Unown se dan cuenta de su soledad y transforman su simple deseo en acción, rodeando la casa de los Hale con un colosal muro de cristal y creando un mundo imaginario en su interior donde Molly puede ver cumplido su mayor deseo.

Miharu Aizawa ( Yuko Takeuchi ) reçoit un ordre de travailler pour Cherry's Airlines de la compagnie aérienne principale. Cherry's Airlines est un transporteur low cost et économique. Le concept de Cherry's Airlines est de fournir peu ou pas de service, le tout pour le coût le plus bas pour le passager. Miharu se bat avec son nouveau travail, car elle est formée pour fournir un excellent service de son entreprise précédente. Miharu commence à se sentir sombre en luttant avec ses collègues amateurs et contre la politique de faible coût de son entreprise. Néanmoins, Miharu travaille dur pour le premier vol de Cherry's Airlines.